phpでShift_JISを使用した際の文字化け
PHPの文字化けを本気で解決する ぎじゅっやさん
http://hain.jp/index.php/tech-j/2007/02/13/%EF%BC%B0%EF%BC%A8%EF%BC%B0%E3%81%AE%E6%96%87%E5%AD%97%E5%8C%96%E3%81%91#
表題の件、apacheの設定かと思っていましたが、php.iniの設定が影響しているようです。参考にさせていただいたサイトにわかりやすく書かれていますが、default-charsetを指定していたのが原因でした。
勉強になりました。